Проверка ДНК на C / C ++

Я перебираю последовательности ДНК, вытаскивая куски по 5-15 оснований за раз в объекты C ++ std :: string . Иногда моя строка будет содержать базу, отличную от ATCG, и я хочу предпринять действие, когда это произойдет. Например, я могу увидеть:

CTACGGTACGRCTA

Поскольку там стоит буква «R», я хочу признать этот случай. Я знаком с регулярным выражением, но люди, похоже, рекомендуют несколько разных библиотек. Я видел Boost, TR1 и другие. Может кто-нибудь предложить другой способ отловить мои кейсы или сказать мне, какую библиотеку я должен использовать и почему?

Спасибо