Numpy: вывод от добавления подмассива к себе

Код в определении класса выполняется во время импорта, а не при создании экземпляра класса. Вам нужно переместить доступ к session методу __init__, чтобы он был доступен при создании формы в функции просмотра.

class Institution(Form):
    organization = SelectField()

    def __init__(self, *args, **kwargs):
        self.organization.kwargs['choices'] = [(x, x) for x in session.get('city', ('not set',))]
        Form.__init__(self, *args, **kwargs)

Это относится ко всему, что требует приложения или контекст запроса, такой как запрос к базе данных, а не только session.