Интерпретировать двойные буквы

Вы не выполняете эти пустые функции. Вы можете напрямую поместить на них отношения.

Entry::with(array(
    'foo' => function($query) use ($id) {
        $query->where('user_id', $id);
    },
    'author', 'lastModifiedBy'
))->...;

Или, альтернативно, вы можете поместить те, которые вложены в метод.

Entry::with(array(
    'foo' => function($query) use ($id) {
        $query->where('user_id', $id);
    }
))
->with('author', 'lastModifiedBy')->...;