Попробуйте следующее:
((.|\n)*)<FooBar>
В основном он говорит «любой символ или символ новой строки», повторяющийся ноль или более раз.
Я не уверен, что полностью понимаю ваш вопрос, но думаю, это должно сработать.
reduce (inputs | select(Your_filter)) as $line
([]; . + [$line])