Как пользователь может отправить вредоносный код через файл ввода =

Для JSONObject приведенный ниже код может вам помочь.

`JSONObject.toString().getBytes("UTF-8").length`

возвращает размер в байтах

Я проверил его с моим объектом JSONArray, записав его в файл. Это дает размер объекта.