Как найти индексы ненулевых элементов в большой разреженной матрице?

у меня две квадратные матрицы (a, b) размером порядка 100000 X 100000. Я должен взять разницу этих двух матриц (c = a-b). Результирующая матрица 'c' - разреженная матрица. Я хочу найти индексы всех ненулевых элементов. Приходится делать эту операцию много раз (>100).

Самый простой способ - использовать два для циклов. Но это требует больших вычислительных затрат. Можете ли Вы сказать мне любой алгоритм или пакет/библиотеку, желательно на R/python/c, чтобы сделать это как можно быстрее?