Я пытаюсь получить среднюю продолжительность использования последовательностей фесты Erlang. Файл фесты похож на это
>title1
ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTACGC
ATCGATCGCATCGATGCTACGATCGATCATATA
ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTACGC
ATCGATCGCATCGATGCTACGATCTCGTACGC
>title2
ATCGATCGCATCGATGCTACGATCTCGTACGC
ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTACGC
ATCGATCGCATCGATGCTACGATCGATCATATA
ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTACGC
>title3
ATCGATCGCATCGAT(...)
Я попробовал к answser этот вопрос с помощью следующего кода Erlang:
-module(golf).
-export([test/0]).
line([],{Sequences,Total}) -> {Sequences,Total};
line(">" ++ Rest,{Sequences,Total}) -> {Sequences+1,Total};
line(L,{Sequences,Total}) -> {Sequences,Total+string:len(string:strip(L))}.
scanLines(S,Sequences,Total)->
case io:get_line(S,'') of
eof -> {Sequences,Total};
{error,_} ->{Sequences,Total};
Line -> {S2,T2}=line(Line,{Sequences,Total}), scanLines(S,S2,T2)
end .
test()->
{Sequences,Total}=scanLines(standard_io,0,0),
io:format("~p\n",[Total/(1.0*Sequences)]),
halt().
Компиляция/Выполнение:
erlc golf.erl
erl -noshell -s golf test < sequence.fasta
563.16
этот код, кажется, хорошо работает для маленького файла фесты, но требуются часы для парсинга большего (> 100 мес). Почему? Я - новичок Erlang, можно ли улучшить этот код?