Как проверить, является ли файл PDF, загруженный в хранилище, неверным / поврежденным в Android программно?

inner join в вашем суб-запросе не требуется. Похоже, вы хотите удалить записи в story_category, где category_id не находится в таблице category.

Сделайте это:

DELETE FROM story_category 
WHERE category_id NOT IN (
    SELECT DISTINCT category.id 
    FROM category);

Вместо этого :

DELETE FROM story_category 
WHERE category_id NOT IN (
    SELECT DISTINCT category.id 
    FROM category INNER JOIN
         story_category ON category_id=category.id);