Какая гранулярность лучше для миграции?

Просто создайте все таблицы в одном файле миграции, если у вас нет конкретного варианта использования, почему вы хотите разделить эти создания на отдельные файлы. Вы хотите, чтобы количество файлов миграции было как можно меньше.

Обычно позже вы добавляете один файл миграции на один запрос на извлечение, который добавляет новую функцию в приложение (в случае, если в схеме есть какие-либо изменения). После того, как миграция будет создана, она никогда не должна изменяться позже, за исключением тех случаев, когда вы все еще находитесь на начальной стадии реализации и у вас еще нет сервера, на котором запущена производственная база данных.

Обычно для начальных значений я рекомендую гранулярность полных наборов данных с помощью одной команды начального уровня, которая добавляет некоторый полезный набор начальных данных для тестирования (я бы вообще не использовал начальные файлы вообще, но я бы просто написал некоторый API, который использует инфраструктура тестирования легко добавить некоторые исходные данные в БД после усечения всех таблиц.

PS. Еще один антишаблон, который я вижу, - это очистка тестовой базы данных путем отката схемы и последующего запуска миграции. Вы должны инициализировать базу данных и запускать миграции только один раз, когда запускается набор тестов, а затем между тестами вы просто усекаете все таблицы и последовательности идентификаторов и снова заполняете БД начальным набором данных.