Периодические 500 ошибок от Apache, использующего Zend Framework с несколькими виртуальными хостами

Мы работали над проектом несколько месяцев без каких-либо проблем, пока не вышел набор последних обновлений. На сервере работает Amazon Linux AMI выпуска 2010.11.1 с Apache 2.2.16 и PHP 5.3.3. Проект разделен на несколько отдельных ветвей разработчиков, работающих как виртуальные хосты, каждая с полностью отдельной копией всего кода, включая Zend Framework 1.11.3. В проект также входит Doctrine 2.0.1, но я не думаю, что в этом проблема. Я экспериментировал с APC в прошлом, но я даже не установил его прямо сейчас. Проблема, по-видимому, чаще всего возникает, когда несколько пользователей обращаются к серверу из разных ветвей. Я подозреваю, что проблема может быть связана с разными версиями определенных базовых классов, которые требуются во время процесса начальной загрузки Zend Framework, но я не могу понять, в чем заключается основная причина. Мы попытались заставить все ветки иметь одну и ту же версию из нашего репозитория git, а затем перезапустили Apache. Это временно решает проблему, но вскоре возвращается. Все началось неделю назад, когда я просто установил набор основных обновлений для Linux, PHP и Zend Framework. Когда проблема возникает, она распространяется даже на наш виртуальный хост phpmyadmin, который даже не имеет ничего общего с Zend Framework. Я в тупике. Ниже приведен набор ошибок, которые мы видим в журнале Apache:

[Wed Mar 02 20:32:40 2011] [error] [client 127.0.0.1] PHP Warning:  array_keys() expects parameter 1 to be array, null given in /var/www/dev/library/Zend/Loader/Autoloader.php on line 251, referer: https://foo.bar/admin/asset_manage/search
[Wed Mar 02 20:32:40 2011] [error] [client 127.0.0.1] PHP Warning:  Invalid argument supplied for foreach() in /var/www/dev/library/Zend/Loader/Autoloader.php on line 345, referer: https://foo.bar/admin/asset_manage/search
[Wed Mar 02 20:32:40 2011] [error] [client 127.0.0.1] PHP Warning:  array_key_exists() expects parameter 2 to be array, null given in /var/www/dev/library/Zend/Loader/Autoloader.php on line 194, referer: https://foo.bar/admin/asset_manage/search
[Wed Mar 02 20:32:40 2011] [error] [client 127.0.0.1] PHP Fatal error:  Class 'Zend_Config_Ini' not found in /var/www/dev/library/Zend/Application.php on line 383, referer: https://foo.bar/admin/asset_manage/search