Дважды ссылаться на одну и ту же модель с разными внешними ключами или создать ассоциацию многие ко многим

Поскольку Type.GetType (String) требуется Type.AssemblyQualifiedName , вы должны использовать Assembly.CreateQualifiedName (String, String) .

string typeName = "MyNamespace.MyClass"; // Type.FullName
string assemblyName = "MyAssemblyName"; // MyAssembly.FullName or MyAssembly.GetName().Name
string assemblyQualifiedName = Assembly.CreateQualifiedName(assemblyName , typeName);
Type myClassType = Type.GetType(assemblyQualifiedName);

Как assemblyName вам не нужно FullName, требуется только имя без Version, Culture и PublicKeyToken.