Для уникального индекса в поле имени пользователя вы должны использовать эту команду:
db.collectionname.createIndex( {"username": 1},{unique:true})
Значение ключа имени пользователя должно быть 1 (индексировано по возрастанию) или -1 (индексировано по убыванию)
См. документы MongoDB в db.collection.createIndex ()
Если вы загружаете свойства из файла, вам необходимо перезапустить приложение после обновления свойства.
В противном случае вам нужно использовать некоторые глобальные приложения для управления свойствами, такие как консул, которые при изменении свойств будут перезагружать значение свойств в приложении (@RefreshScope).
В вашем случае после изменения свойства вам необходимо отключиться и повторно подключиться к mongodb по коду.