SKProduct возвращает ноль в первый раз, работает позже

Один из способов избежать запятых, заключенных в квадратные скобки, - сначала сопоставить квадратные скобки. Пример для замены:

var result = sampleStr.replace(/([^\[,]*(?:\[[^\]]*\][^\[,]*)*),/g, '$1#');

Другой пример, если вы хотите разделить:

var result = sampleStr.match(/(?=[^,])[^\[,]*(?:\[[^\]]*\][^\[,]*)*/g);

Преимущество этих подходов в том, что вам не нужно разбирать всю строку до конца с представлением каждой запятой.