Ну, как это сделал бы закон Мерфи, чтение, которое я прочитал после публикации этого вопроса, привело к нескольким результатам - не полностью разрешилось, но несколько полезно тем не менее.
Я играл с минимальной высотой немного до публикации, но не знал о внутренних ограничениях на размер, которые являются довольно новыми для спецификации.
http://caniuse.com/#feat=intrinsic-width
Добавление min-height: min-content
в область flexbox устраняет проблему в Chrome, а с префиксами поставщиков также исправляются Opera и Safari, хотя Firefox остается неразрешенным.
min-height: -moz-min-content; // not implemented
min-height: -webkit-min-content // works for opera and safari
min-height: min-content // works for chrome
для идей по Firefox и других потенциальных решений.