Как использовать библиотеки PHP без композитора (FPDI с защитой FPDI)

Если вы не используете композитор, просто требуйте autoload.php в папке / src:

require_once('src/autoload.php');

Если у вас реализован автозагрузчик PSR-4, просто зарегистрируйте путь src следующим образом:

$loader = new \Example\Psr4AutoloaderClass;
$loader->register();
$loader->addNamespace('setasign\FpdiProtection', 'path/to/src/');

Так что в вашем случае просто потребуйте файлы autoload.php из FPDI и FPDI Protection:

use setasign\FpdiProtection\FpdiProtection;

require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/fpdf/fpdf.php');
require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/fpdi2/src/autoload.php');
require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/fpdi_protection/src/autoload.php');

$pdf = new FpdiProtection();
...