Как Запустить/Остановить веб-сайт По умолчанию и какой-либо Пул приложений IIS7 программно в C#?
Вы можете использовать System.DirectoryServices
http://terrapinstation.wordpress.com/2008/06/12/restart-iis-application-pool-from-aspnet-page/
Это похоже на то, для чего вы хотите использовать WMI. Класс IIsWebServer, вероятно, будет хорошим местом для начала поиска, документацию по нему можно найти здесь. А здесь - статья codeproject об остановке и запуске сайтов на C#.