Альтернативы хранения объектов в Wordpress

Я не понимаю ваш вопрос ...

Если вы хотите перенаправить каждый запрос в подпапку:

RewriteRule ^(.*)$ shop/$1 [L,QSA]

http://www.example.com/* -> wwwroot/store/*

Если вы хотите перенаправить на подпапку, которая имеет доменное имя

RewriteCond %{HTTP_HOST} ([^\.]+\.[^\.]+)$
RewriteRule ^(.*)$ %1/$1 [L,QSA]

http://www.example.com/* -> wwwroot/example.com/*