Понимание списка - ваш лучший выбор для самого Pythonic (и самого быстрого) способа сделать это:
[int(i.days) for i in (df.B - df.A)]
Если ваши столбцы не в формате даты и времени. Более короткий синтаксис будет выглядеть следующим образом: df.A = pd.to_datetime(df.A)