В некоторых версиях MYSQL (проверена 5.7. *) в системах * nix вы должны использовать этот синтаксис:
[mysqld]
sql-mode="NO_BACKSLASH_ESCAPES,STRICT_TRANS_TABLE,NO_ENGINE_SUBSTITUTION"
тире нет кавычек
sql-mode=NO_ENGINE_SUBSTITUTION
подчеркнуть отсутствие кавычек
sql_mode=NO_ENGINE_SUBSTITUTION
подчеркивание и кавычки
sql_mode="NO_ENGINE_SUBSTITUTION"
Более полный обзор конфигурационных значений и sql-режима: