У меня была аналогичная ошибка. Оказывается, мне просто нужно обновить версию jar для mysql-connector-java (используя maven)
<dependency>
<groupId>mysql</groupId>
<artifactId>mysql-connector-java</artifactId>
<version>...</version>
</dependency>
Ответ связан с дополнительной поддержкой сборки Gradle. Это описано в https://blog.gradle.org/introduction-incremental-build-support и https://docs.gradle.org/current/userguide/more_about_tasks.html#sec. : up_to_date_checks
По сути, для встроенных задач Gradle внутренне вычисляет, что представляют собой входные и выходные файлы, связанные с задачей. Затем он использует эту информацию, чтобы избежать выполнения ненужных задач, тем самым устраняя ненужные шаги. Для пользовательских задач у Gradle есть метод, описанный в приведенных выше ссылках, чтобы сообщить Gradle, каковы входные и выходные файлы для конкретной задачи.