Что такое репозиторий в доктрине?

Репозиторий в термине, используемом многими ORM (Object Relational Mappers) , доктрина - лишь одно из них.

Это означает место, откуда можно получить доступ к нашим данным, хранилище данных. Это сделано для того, чтобы отличать его от базы данных, поскольку репозиторий не заботится о том, как хранятся его данные.

См. Шаблон репозитория из книги Мартина Фаулерса «Шаблоны архитектуры корпоративных приложений».