Это будет сделано по запросу, возможно, несколько раз в день. То, как я увижу, работает, как в http://sqlite.1065341.n5.nabble.com/Attempting-to-merge-large-databases-td39548.html , где базы данных объединены в большой БД, выполненный запрос, а затем удалена большая база данных.