EF Core Add () метод удаляет записи базы данных

Попробуйте использовать ссылки на сущности, а не устанавливать FK напрямую. Извлеките пользователя, организацию и позиции из контекста и добавьте их ссылки на новую комбинацию и вызовите SaveChanges. Это должно гарантировать, что все ссылочные отношения сущностей установлены правильно, если вы позже осмотрите эти сущности. Для EF Core я рекомендую использовать теневые свойства для объявлений FK, чтобы избежать выставления двух отдельных представлений одного и того же отношения. (UserOrganizationPosition.PositionId и UserOrganizationPosition.Position.PositionId)