отказ сегментации graphviz

Я создаю график со многими узлами, приблизительно 3 000. Я записал простую программу Python для добиваний цели с graphviz, но он дает мне отказ сегментации, и я не знаю, почему, если график является слишком большим или если я пропускаю что-то.

Код:

#!/usr/bin/env python

# Import graphviz
import sys
sys.path.append('..')
sys.path.append('/usr/lib/graphviz')
import gv

# Import pygraph
from pygraph.classes.graph import graph
from pygraph.classes.digraph import digraph
from pygraph.algorithms.searching import breadth_first_search
from pygraph.readwrite.dot import write

# Graph creation
gr = graph()

file = open('nodes.dat', 'r')
line = file.readline()
while line:
        gr.add_nodes([line[0:-1]])
        line = file.readline()

file.close()
print 'nodes finished, beginning edges'

edges = open('edges_ok.dat', 'r')
edge = edges.readline()
while edge:
        gr.add_edge((edge.split()[0], edge.split()[1]))
        edge = edges.readline()

edges.close()
print 'edges finished'
print 'Drawing'

# Draw as PNG
dot = write(gr)
gvv = gv.readstring(dot)
gv.layout(gvv,'dot')
gv.render(gvv,'svg','graph.svg')

и это отказывает в gv.layout() звонить.

Файлы - что-то как: узлы:

   node1
   node2
   node3

edges_ok:

   node1 node2
   node2 node3