Когда я пытаюсь использовать jQuery для обновления HTML DOM

Для этой цели также можно использовать Apache Tika . По умолчанию он сохраняет пробелы из разделенного html, что может быть желательно в определенных ситуациях:

InputStream htmlInputStream = ..
HtmlParser htmlParser = new HtmlParser();
HtmlContentHandler htmlContentHandler = new HtmlContentHandler();
htmlParser.parse(htmlInputStream, htmlContentHandler, new Metadata())
System.out.println(htmlContentHandler.getBodyText().trim())