PHP игнорирует мое max_execution_time

У меня в скрипте есть задача по конвертации видео с помощью ffmpeg. Я делаю это с помощью codeigniter 2.0.3 и размещаю скрипт в библиотеках и использую shell_exec() для запуска ffmpeg.

В моем php скрипте есть 3 задачи.

1. Загрузить файл
2. Конвертировать видео в .flv
3. Сгенерировать палец
4. Сохранить в db.

Когда я загружаю файл, мой php скрипт начинает конвертировать загруженное видео. Но когда конвертация заканчивается примерно через 5 минут. Он не продолжает генерировать палец. И он говорит

PHP Fatal error: Maximum execution time of 300 seconds exceeded in C:\AppServ\www\mis\application\libraries\my_video_utility.php on line 102, referer: http://localhost/mis/test/

Я установил max_execution time, max_input_time, etc на 3600 в php.ini также добавил set_time_limit() и set_ini() в мой php скрипт. Но он все еще получает ошибку.

Но когда я загружаю короткое видео, оно работает.