Используемый ответ @ Ramnath выше, но он прочитал (что заменить и что нужно заменить) из файла и вместо gpub использовать gsub.
hrw <- read.csv("hgWords.txt", header=T, stringsAsFactor=FALSE, encoding="UTF-8", sep="\t")
for (i in nrow(hrw))
{
document <- gsub(hrw$from[i], hrw$to[i], document, ignore.case=TRUE)
}
hgword.txt содержит следующая вкладка разделена
"from" "to"
"AA" "0101"
"AC" "0102"
"AG" "0103"