Source code is different from original version

Мы работаем над приложением .NET и недавно начали использовать Git для контроля версий.

Наш последний релиз был помечен в Git, и теперь я пытаюсь отладить некоторые проблемы.

Вот что я сделал:

1. Установил приложение (из релиза) на свой компьютер.
2. Проверил версию релиза с метками.
3. Запустил VS и подключился к процессу.
4. Разместил точки останова на некоторых участках кода.

Я получаю сообщение: "Исходный код отличается от оригинальной версии", однако это фактический код, который был скомпилирован для выпуска этой установленной версии.

Что я делаю не так?

Использую VS2008, если это имеет значение.

BTW: Какой механизм используется для сравнения, если двоичные файлы отличаются от исходного кода?

При клонировании репозитория из Git, например, он изменит дату всех файлов/папок на текущую дату. Используется ли это значение (время даты) для определения исходного кода и бинарных файлов?