Bash config file выдает ошибки при получении из скрипта Perl

Perl system использует /bin/sh в качестве оболочки ( https://perldoc.perl.org/functions/system.html ). Он не будет понимать специфичный для bash синтаксис, такой как подстановка процессов.

Вы захотите явно вызвать bash:

system 'bash', '-c', q{source ~/.bash_profile; osascript -e 'quit app "Chromium"'};

Использование механизма одинарных кавычек q{}, чтобы избежать обратной косой черты.

Примечание для bash: если вы вызываете его как интерактивную оболочку, он автоматически выплескивается в bashrc, поэтому вы можете выполнить:

system 'bash', '-ic', q{osascript -e 'quit app "Chromium"'};

ref: https: //www.gnu.org/software/bash/manual/bashref.html#Bash-Startup-Files