Вы можете искать любой алгоритм Java FFT и легко переносить его на javascript.
Например, здесь:
Эта реализация требует двух классов + БПФ Java-код (Принстон) + Сложная зависимость
Это может быть проще и проще в применении: + FFT Java Code (columbia)
Этот код легко портировать на Javascript, только помните, что функции JavaScript Math.sin и Math.cos работают в радианах, а не в градусах.