Как убрать переменные со скобками внутри if-клаузы в пакетном файле?

Скобки и переменные всегда сложно смешать. Вместо этого используйте подпрограмму.

@Echo Off
Set a=some value with (parentheses) inside
If 1 == 1 Call :SetPath
Echo %Path%
Exit /B

:SetPath
Set "Path=%a%"
SetX "Path" "%a%"
Exit /B

Я установил переменную дважды: один раз, используя Set для текущего сеанса оболочки, и один, используя SetX , чтобы установить его для всей системы для будущих сеансов оболочки. Удалите либо, если они не нужны.