Вот как я делаю в функции, чтобы избежать прерывания работы getopts в то же время где-то выше в стеке:
function waitForWeb () {
local OPTIND=1 OPTARG OPTION
local host=localhost port=8080 proto=http
while getopts "h:p:r:" OPTION; do
case "$OPTION" in
h)
host="$OPTARG"
;;
p)
port="$OPTARG"
;;
r)
proto="$OPTARG"
;;
esac
done
...
}