Есть ли способ заменить все вхождения определенных символов, но только в каждой n-й строке?
Есть множество вопросов по SO, которые спрашивают:
- как получить счет конкретных значений из списка, разделенного запятыми
- , как получить записи, имеющие только одно и то же 2/3 / etc из этого списка с разделителями-запятыми
Еще одна проблема с списком, разделенным запятыми, - обеспечить согласованность значений - сохранение текста означает возможность опечаток ...
Это все симптомы денормализованных данных и подчеркивают, почему вы всегда должны моделировать нормализованные данные. Денормализация может быть оптимизацией запроса, , которая будет применяться, когда сама на самом деле представится .
2 ответа
Благодаря объяснению @ kvantour для файлов fasta, вот еще одно решение sed, которое лучше подходит для вашей задачи:
sed '/^>/! s/[^ACTG]/N/g' file.fasta
-
/^>/!: do следующее, если эта строка не начинается с>, -
s/[^ACTG]/N/g: заменяет каждый символ, ноACTGнаN.
Вот одно решение с awk
awk 'NR%2 ==0{gsub(/[^CTAG]/, "N")}1' file
результатом
SEQUENCE_1
AGCNGTNANTGCTG
SEQUENCE_2
AGGNGTNANTGCTC
Пояснение Как хотел OP, я только ищу каждую четную строку, чтобы применить изменение с помощью [ 1117]
NR/2 == 0
NR - количество записей (строк здесь), прочитанных до тех пор, пока file
и gsub(/[^CTAG]/, "N") не заменяются всеми символами, которые являются НЕ 'C', 'T', 'A', 'G'
[^CTAG] ^ есть отрицание
и awk идет по expression action формат
здесь expression равен NR/2==0, и действие заменяет символы с N на gsub, которые не являются CTAG