команда не добавляет, используя пакет yarg npm

Согласно yargs документам, метод command принимает 4 параметра, а не объект;

.command(cmd, desc, [builder], [handler])

, поэтому ваш код должен выглядеть примерно так (обратите внимание, больше нет скобок и ключей объектов):

//create add command
yargs.command(
    'add',
    'to add note',
    function() {
        console.log('note has been added')
    } 
})

Если вы не передаете необязательный builder param, вероятно, должен использовать именованные params для функции-обработчика (не уверен, как yargs назвал params, но я думаю, это handler), как

   ...
   handler = function() {
        console.log('note has been added')
    }