Как мне получить доступ / изменить переменные из замыкания функции?

Собственно, подумайте об этом в другом случае. Предположим, что если ваш список таков:

[[1, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1]]

, и если вы напишете myList[0][0] = 5, вы получите:

>>> 
[[5, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1]]
>>> 

Как и ожидалось. Но так как вы определяете свою переменную списка следующим образом:

[[1] * 4] * 3

Python обработает ваши коды по этому шаблону. Поэтому, если вы напишете myList[0][0] и ваш список, как указано выше, Python обработает его, как [1]*3. Вот почему все списки первых элементов изменены.