Я думаю, все объясняют, что происходит. Я предлагаю один из способов его решения:
myList = [[1 for i in range(4)] for j in range(3)]
myList[0][0] = 5
print myList
И у вас есть:
[[5, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1]]
Вы можете сначала прочитать содержимое вашего файла, добавить его к новым данным, а затем записать все в файл:
with open("webscraper2noteppad++", "r") as f:
data = f.read()
with open("webscraper2noteppad++", "w") as f:
f.write('{}{}{}'.format(lucky, '\n' if data else '', data))