Я думаю, все объясняют, что происходит. Я предлагаю один из способов его решения:
myList = [[1 for i in range(4)] for j in range(3)]
myList[0][0] = 5
print myList
И у вас есть:
[[5, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1], [1, 1, 1, 1]]