Как правильно структурировать / организовать javascript для большого приложения?

Допустим, вы создаете большое приложение и ожидаете, что на сайте будет масса JavaScript. Даже если вы разделите javascript на 1 файл на страницу, где используется javascript, у вас все равно останется около 100 файлов javascript.

Как лучше всего организовать файловую систему, разместить эти файлы на странице, а также сохранить организованную структуру кода? В то же время важно иметь возможность сохранять вещи в миниатюре для производства.