У меня был случай, когда я случайно начал разворачивать каталог файлов в корне. Он добавил файл .htaccess из моей папки с файлами, который блокирует все php
# If we know how to do it safely, disable the PHP engine entirely.
<IfModule mod_php5.c>
php_flag engine off
</IfModule>
. Нижняя строка проверяет файл .htaccess на root.
В Chrome откройте инструменты разработчика и нажмите на вкладку сети. 90% времени вы можете определить медленный ресурс оттуда.