Все, что я хочу, это иметь рабочий процесс, похожий на:
Что очень просто, и хотя он не поддерживает расширенные возможности (например, несколько баз данных), он знает, как добавлять/удалять колонки, что является обычным случаем использования.
sqlalchemy-migrate имеет безумно сложный рабочий процесс, а оба руководства (1, 2), на которые ссылается документация, либо устарели, либо неактуальны.