Просто поместил проект Android под контроль версий git (beanstalk) через командную строку (mac terminal). Следующий шаг - настройка исключений.
Для тех, кто уже прошел этот путь:
Как должен выглядеть типичный файл .gitignore для проекта android?
Настройка проекта в Eclipse