У меня есть эта ошибка, потому что git repo был (случайно) инициализирован дважды в том же месте: сначала как не-голый репо и вскоре после него в качестве голого репо. Поскольку папка .git остается, git предполагает, что репозиторий не голый. Удаление папки .git и данных рабочего каталога решило проблему.