Добавление элементов массива заданий в Slurm после отправки

Node.setVisible(boolean) просто переключает состояние видимости Node.

Чтобы исключить Node из расчётов макета родителя, вы также должны установить его управляемое состояние, вызвав Node.setManaged(false) .

Если вы хотите, чтобы управляемое состояние автоматически обновлялось вместе с видимостью, вы можете использовать привязку, как указано @jewelsea: node.managedProperty().bind(node.visibleProperty());