Взгляните на эту ссылку: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/ru/mysql-indexes.html
Как они работают слишком широк для объекта для покрытия в одном сообщении SO.
Здесь является одним из лучших объяснений индексов, которые я видел. К сожалению, это для SQL Server, а не для MySQL. Я не уверен, насколько похожи эти два ...