Вы можете использовать наивный метод, если элементы difflist отсортированы и установлены.
list1=[1,2,3,4,5]
list2=[1,2,3]
print list1[len(list2):]
или с помощью собственных методов набора:
subset=set(list1).difference(list2)
print subset
import timeit
init = 'temp1 = list(range(100)); temp2 = [i * 2 for i in range(50)]'
print "Naive solution: ", timeit.timeit('temp1[len(temp2):]', init, number = 100000)
print "Native set solution: ", timeit.timeit('set(temp1).difference(temp2)', init, number = 100000)
Наивное решение: 0.0787101593292
Нативное решение: 0.998837615564