Ошибка тайм-аута соединения mongoDb Atlas в node.js

В коде, где вы подключаетесь к базе данных, вытащите его и оберните его в try{ ...your code } catch (e){ console.error(e) }, чтобы увидеть, что на самом деле является ошибкой.

Если бы мне пришлось угадывать, я бы сказал, что вы либо не используете правильную строку подключения, либо вам нужно внести белый список IP-адреса вашего сервера в настройки безопасности MongoDB Atlas для вашего кластера