Отправить значение массива в параметре URL

Вы можете создать именованный вектор выражений (которые превращают текст в полужирный) в scale_x_discrete и использовать parse=TRUE для оценки выражений:

ggplot(xx, aes(x=CLONE, y=VALUE, fill=YEAR)) + 
    geom_bar(stat="identity", position="dodge") +
    facet_wrap(~TREAT) +
    scale_x_discrete(labels=c("A"=expression(bold(A)), "C"=expression(bold(C)),
                              "E"=expression(bold(E)), parse=TRUE))

Возможно, вы можете создать вектор выражений программным путем, а не печатать его, но способ сделать это сейчас ускользает.