Для окон перейдите к C:/Ruby25-x64/lib/ruby/gems/2.5.0/gems/sqlite3-1.3.13-x64-mingw32/lib/sqlite3.rb
C:/Ruby25-x64/lib/ruby/gems/2.5.0/gems/sqlite3-1.3.13-x64-mingw32/lib/sqlite3.rb
и убедитесь, что
require "sqlite3" вместо native
require "sqlite3"