Pods-MyProject.development - в (ноль) в конфигурации xcode?

Используйте os.path.relpath() .

import os
rootDir = "myfolder"
fileSet = set()

for dir_, _, files in os.walk(rootDir):
    for fileName in files:
        relDir = os.path.relpath(dir_, rootDir)
        relFile = os.path.join(relDir, fileName)
        fileSet.add(relFile)

Обратите внимание, что os.path.relpath() был добавлен в Python 2.6 и поддерживается в Windows и Unix.