Я думаю, что os.walk - правильный выбор здесь. возможно, root.replace(myFolder, "")
должен измениться на root.replace(myFolder, "", 1)
, чтобы избежать потенциального sth. вы знаете. Если вы уже получили файлы и (под) папки, os.path.commonprefix тоже стоит посмотреть.